（1）样本的类型，样本的降解程度：如FFPE样本本身有一定的降解，且降解的程度不同，不同降解程度的样本用相同的打断条件打断的片段范围也是不稳定的。

（2）体系是否混匀：配置好打断体系后一般建议用枪吹打混匀，没有混匀可能会造成打断的长度不稳定。

（3）打断的温度：打断时的PCR温度会直接影响到打断的效果，一般建议PCR仪进行定期的温度校准，在实验过程中等PCR仪降到打断的温度是再将PCR体系放入PCR仪中。